Danke auch dir für deine Antwort!

ich hab jetzt das UART wie du sagtest in die main gepackt und die variablen als volatile.

Wenn ich PWM_Init() nicht aufrufe läuft alles wie es soll.
Sobald ich es tue geht immer noch alles schief.
Jetzt sind es mehrere 1000 Aufrufe der ISR, da ja die Zeitverzögerung vom UART nicht mehr da ist..

Ich habe leider kein Oszilloskop da :/ zur not könnte ich es aber mal mit zum Studium nehmen Montag, da hab ich die Möglichkeit.
Allerdings hab ich auch schon eine Hardwareentprellung mit 100nF dran, sodass das nach meinem Verständnis nicht mehr prellen sollte...

Der Zusammenhang mit der Initialisierung des PWMs ist wohl höhere Magie..

Gruß Lukas