Dein erstes Problem hört sich nach falschen / fehlenden Abschlusswiderständen an.
Zum zweiten Problem kann ich mich nur meinem Vorposter anschließen.
Der Atmega kann nur eine Sache gleichzeitig machen. Wenn du Daten in 2 Schnittstellen reinschiebst / liest, dann arbeitet die UART Hardware komponente zwar asynchron zur CPU aber die CPU muss immer noch die Daten reinschieben.