Der R* ist aber hoffentlich nicht an den 12V angeschlossen? Der Eingang am Atmega verträgt nur 5V, also darf der Pull-up auch nur an 5V angeschlossen werden.
Kann sein dass der Pin schon defekt ist, wenn du Pech hast ist schon der ganze Atmega defekt.
Probier mal einen anderen Eingangspin, und dann Ausgabe auf LED an einen anderen Pin zum testen, sollte funktionieren.

Sicherer wäre es die ganze Schaltung auf 5V zu belassen, der Sensor funktioniert doch auch ab 5V.

LG!