Keine Ahnung, was für ein Programm benutzt du denn? An sich sollte das aber nicht schwer sein, da sich ja der Motorstrom über die Rückmeldungs-Pins auslesen lässt. Dazu musst du die aber mit einem ADC verbinden können (weiß gerade nicht, wie es mit dem Controller verschaltet ist). Im Programm sollte man dann festlegen können, ab welchem ADC-Wert die Motoren abgeschaltet werden. Dazu empfielt sich aber auch eine gescheite Filterung, außerdem ziehen DC-Motoren beim Anfahren auch schon recht viel Strom, nicht dass die gleich beim Anfahren wieder abgeschaltet werden. Kommt auch drauf an, welche Referenzspannung eingestellt ist (entweder Vcc, Aref oder die interne Referenzspannung von 2,56V). Musst dich mal mit deinem Programm auseinandersetzen, wie es dort gemacht wird, das wird doch sicher irgendwo dokumentiert sein. Wenn du selber programmierst, ist hier das Datenblatt des Atmega32 dein Freund.