In deinem Fall 3:
Jumper UB in Stellung "Bat" und
Jumper VCC in Stellung "XBus"

... kommt VCC (5V) vom XBUS, d.h. vom RP6. Diese 5V werden dann NICHT auf der ArduIO erzeugt, sondern vom 5V-Regler auf dem RP6.

Wenn du in der genannten Stellung der Jumper an der Buchse B1 (oder P_UB) NICHTS anschließt, sind die beiden Spannungsregler auf der ArduIO (3V3 und 5V) ohne Eingangsspannung, daher leuchten die LEDs 5 und 14 NICHT.
In dieser Stellung der Jumper und ohne Eingangsspannung an B1 funktionieren auf der ArduIO alle 5V-Teile, nicht aber die 3V3-Teile (IO#3, 3V3-I2C-Bus) und nicht die Power PWM Ausgänge oder H-Brücken Ausgänge (die brauchen ja UB!).

"Deine" Jumperstellung 3 macht also eigentlich nur Sinn, wenn du auch wirklich eine externe UB an B1 anschliessen willst: Dann ist alles auf der ArduIO funktionstüchtig. Aber: Warum dann die 5V vom RP6 nehmen? Besser ist dann, den Jumper VCC auf "5V Reg" zu stellen.

Da ich keine externe Spannung an B1 anlegen will (jedenfalls nicht in Phasen der reinen Software-Entwicklung und ohne größere Verbraucher an den Power PWM Ausgängen) nehme ich diese Jumper Stellung:
Jumper UB in Stellung "XBus" und
Jumper VCC in Stellung "5V Reg"

EDIT: Fabian war schneller, sorry!