Hm, das ist seltsam. Wenn beide Jumper in Stellung ArduIO sind, dann wird ja am 5V-Regler gar nichts geändert und ansonsten wird nur eben auf die Buchse B1 bzw die beiden Pins daneben zurückgegriffen statt auf den XBUS für UB.
Vielleicht mal die Pins neben der B1 nachlöten? Oder mal bei angeschlossenem Akku und Schalter auf "ON" dran rumwackeln. Oder: Ist die Sicherung F1 noch heil?
Die ist eigentlich der einzige Unterschied: Bei Verwendung des XBUS als Batterie läuft ja alles über die RP6-eigene Sicherung auf der Base. Ist ein Akku an die ArduIO selbst angesteckt, geht dieser über die F1.

zu 6.) ja, also das sollte reichen bevor der losfährt ist ja bereits alles initialisiert!
Grüße