Was ist mit der Lib, die Google gleich als erstes findet ?
https://github.com/ivanseidel/DueTimer

Wenn man mal in die DueTimer.cpp schaut, sieht man, dass sich das ganze doch etwas vom AVR unterscheidet.
Die Registerzugriffe scheinen aber auch beim Due schon durch Funktionen gekapselt zu sein. Was da an Libraries
in Arduino 1.5.x alles steckt, scheint aber nirgends richtig dokumentiert zu sein.