Für Schrittmotoren hat man auch Steuerungs ICs. Die hängt man ja nicht einfach so an eine Gleichspannung. Wenn beim IC nun (Weil du z.b. die Spindel mit einschaltest) die Spannung einbricht kann man solches Verhalten eventuell erzeugen. Hast du ein Oszilloskop da ? Und nur mal sicherheitshalber. Bist du dir ganz sicher alles richtig verdrahtet zu haben ?