Hi,

die Frage stellt sich wirklich:
a) Wollen wir eine Arduino Uno Platine auf den RP6 setzen (und den RP6 dann z.B. damit steuern) ODER
b) Wollen wir Arduino Addon-Boards da drauf setzen?

Zu a)
Die Arduino Prozessor-Platinen können eigentlich nicht irgendwo drauf gesetzt werden, sondern nur selbst als Basis von Addon-Boards dienen. Man könnte sie aber "kopfüber" auf verlängerte Stiftleisten setzen.
Zu b)
Wenn man Addon-Boards auf den RP6 setzen will, dann übernimmt der RP6 (oder I2C-Bausteine da drauf) die Ansteuerung des Addon-Boards in Vertretung des Arduino (Uno).
D.h.: Man muss neben 3,3 und 5V auch I/O-Ports ("normale" und PWM-geeignete) und ADC-Ports an die richtigen Pins des "Sockels" für die Addon-Boards führen. Wenn definitiv fest steht, wie man das verdrahtet, kann man eine Art "Arduino-Simulation-Libs" für unsere neue "MultiIO" schreiben, die je nach aufgesetztem Addon-Board dieses ansteuern.

Wie weit man den Sockel hardwaremäßig "treibt" (z.B. auch mit den 6 ISP-Stiften) muss man schauen.
Sicher kriegt man das ganze auch nicht so hin, dass ALLE Addon-Boards des Arduino-Systems zum Laufen zu bringen sind. Insbesondere die 3,3V- und 5V-Kompatibilität wird Probleme machen.

Zum Thema "Relais":
Braucht man die wirklich?