Meinst Du mit "PWM Generatoren" Hardware-PWMs? Die laufen ja total außerhalb des eigentlichen CPU-Cores, und verbrauchen somit keine Zeit. Du schreibst einfach x und y an der dafür vorgesehenen Adresse und die CPU bearbeitet sofort den nächsten Befehl. An dem betreffenden Pin wird dann die PWM ausgegeben. Solange Du nicht die Werte in den PWM-Registern überschreibst, bleibt der eingestellte duty cycle erhalten und die CPU kann ganz entpannt was anderes machen. Wie viele PWMs gibst Du im Moment eigentlich aus?