Autsch, den Konverter hatte ich ja ganz aus dem Blick verloren ... Doch, ja, das ist Standardware: 24polig, Breite: 0,6" = 600mil = 6RE.

Die diskret realisierte Begrenzung der maximalen ON-Zeit wird technisch aufwendiger sein als das bisher diskutierte. Das kann ich nicht druckreif aus dem Ärmel schütteln. Wenn man sie in Software haben will, kostet sie aber auch: Zeit!
Kannst du evtl. am PC in der geplanten Software einen schnellen Timerinterrupt einrichten, dessen Code die Einschaltdauer verwaltet und über die kumulierten ON und OFF-Zeiten quasi ein Thermomanagement betreibt? So könnte die aktuelle ON-Zeit begrenzt und per arithmetischem Mittelwert über die vergangenen 100 Zeiten die Erwärmung der LED im Zaum gehalten werden So oder so ähnlich. Dazu braucht es dann aber experimentell ermittelte Parameter. Gesteuert würde die Interruptroutine über einen Satz von Schaltbefehlen von der Anwendungsebene.

Bei den Zeiten würde ich mir keine Sorgen machen. Wenn der Konverter wenigstens USB1.1 spricht, sollte in den 12Mbit/s doch 1ms "Schalt-Bang" oder schneller drin sein. Allerdings hatte ich kürzlich dein Projekt mit einem anderen verwechselt, wo auch jemand auf LED-Basis ein Stroboskop gebaut und damit einen gepulsten Wasserstrahl "eingefroren" hat. Von dort hatte ich auch die Leuchtzeiten <1ms und die Grundfrequenz von etwa 25Hz zitiert.