Schaltplan? Verkabelungsplan?
Deine Schilderungen klingen für mich weniger wie ein EMV-Problem als nach einem Masseproblem. Kann es sein, dass dein Massepotential, wenn größere Ströme fließen (Motoren, Akkuladung), Richtung VCC (oder sogar Akkuspannung) wandert? Dann bekäme der AVR Unterspannung, das weitere Verhalten ist dann undefiniert. Ähnliches gilt auch bei hochohmigen Masseverbindungen.
mfG
Markus
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