Das kann ich nicht sagen, weil ich es selber bisher nur bei elektrischen Störfeldern als Schirm mit Kupferdraht probiert habe. Wenn es magnetisch schirmen sollte, musste es theoretisch möglichst dicht gewickelt und nicht mit GND verbunden sein. Falls möglich würde ich lieber zuerst längere und deshalb dickere Leitungen weiter vom µC prüfen.
Freilaufdioden können nicht durch induzierte Spannung überlastet werden, weil die Spannung in Flußrichtung anliegt.
Ein Motortreiber wird sicher durch Anlaustrom des angeschlossenen Motors überlastet.
Übrigens, um eindeutig als Störungsquelle die Spannungsabfälle auf Masse bzw. EMV zu erkennen, würde ich, falls möglich, kurz mit zwei getrennten Akkus (Steuerug und Motoren) probieren.
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