Klar, was anderes macht so ein Motorshield ja auch nicht. Mal so als kleine Analogie: stell dir vor, der Arduino ist dein PC, dann ist der Motortreiber sowas wie ein Monitor. Der PC kann auch alleine arbeiten, dann allerdings kein Bild anzeigen, der Monitor wiederum ist ohne den PC relativ nutzlos.

Deinen Arduino kannst du programmieren, wie du möchtest, auf jeden Fall kannst du den Motortreiber damit betreiben, wenn du richtig programmierst. Der Motortreiber selbst kann man allerdings nicht programmieren, der funktioniert so, wie er ist.