Ich verstehe halt nicht, warum ich jetzt nur noch mit einem Hilfstakt vom Arduino auf diesen zugreifen kann und er irgendwie nicht mit dem 12 MHz Quarz läuft bzw. dabei dann nicht mehr über das atmel studio beschreibbar ist.
Weil du höchstwahrscheinlich auf ext. Clock und nicht auf ext. Crystal eingestellt hast.

Bist du sicher dass du sowas nachbauen kannst/willst?
Du musst dazu USB1.1 softwareseitig implementieren. Du stößt aber schon allein beim einstellen der Fuses an deine Grenzen.

mfg