Den Timer sollte man im normalen Modul laufen lassen, also nicht gerade PWM (vor allem nicht die langsamen Modi mit hoch runter zählen). Das Starten und stoppen muss man von Hand machen, also die Register zum Timer passend einstellen in den ISRs. Der Timer wert liegt in 2 Registern zu 8 Bits (TCNT1L und TCNT1H) - wobei intern auch noch ein Automatische Zwischenspeicherung erfolgt. Daher muss man beim Schreiben und lesen auf die Reihenfolge von low und high Byte achten. Der transfer von IO Register in ein CPU Register geht per Befehl IN (sofern die Register ein niedrige Adresse haben) oder LDS.

Das Stoppen könnte man ggf. besser über die ICP Funktion machen: damit kann man auch einen Interrupt auslösen, aber zusätzlich wird automatisch der Zählerstand in spezielle Register gerettet.