Ich sehe das Problem eigentlich hier: Wenn Du den Timer einfach so anhältst weißt Du ja nie, ob er gerade über oder unter der Wert von PWM1A ist. Folglich ist es auch nicht beeinflussbar, ob der OC-Pin gerade auf 1 oder auf 0 steht, wenn der Timer stoppt.

Ich konfiguriere meine PWM-Anwendungen immer direkt über die Register, aber "Clear Up" verstehe ich so, dass der Ausgang auf 0 gesetzt wird, wenn der Timer den Wert von PWM1A beim hochzählen überschreitet (korrigiert mich, wenn das nicht stimmt!). Wenn aber 255 in diesem Register steht, tritt dieser Fall aber niemals ein, d.h. der Ausgang bleibt dauerhaft auf 1. Dementsprechend wird der Ausgang immer auf 0 bleiben, wenn 0 im PWM1A-Register steht.

Für alle anderen PWM1A-Werte dürfte der Ausgang beim Stoppen vom Timer 1 "zufällig" 1 oder 0 führen, je nachdem an welcher Stelle der Timer angehalten wurde.

Ich denke, dass das "Abhängen" des OC1A-Pins die beste Lösung ist (wie ja schon von for_ro beschrieben).