... es geht ja auch Zeit für das Springen in die ISRs verloren ...
Das ist jetzt nicht Dein Ernst? Wie langsam tickert denn Dein Controller? Ist das ein tiny13 mit dem internen 128 kHz-Oszillator? Oder noch langsamer?

Im Ernst: bei dem burst von 500 µs (und ohne sonstige Interrupts oder Interrupt-long-run-Kunststücke) kannst Du die Zeit vom Eintritt des Ereignisses bis zum Beginn der ISR bei Takten über 1 Mhz beruhigt erstmal vergessen.

Ich bin nicht sicher, dass Dir klar ist, was am Eingang des Controllers - also am Anschluss des SigOut des TSOP passiert - wenn die irLED mit 36 kHz zum Blinken beginnt - - und wieder aufhört.

a) irLED blinkt nicht (aus, kein irLicht wird abgegeben, die LED ist wirklich dauerdunkel)
....TSOP empfängt nix => SigOut-TSOP ist high

b) irLED blinkt seit drei bis vier 36-kHz-Pulsen
....TSOP empfängt nix => SigOut-TSOP ist high

c) irLED hat zehn oder mehr 36-kHz-Pulse abgeschickt
....Der TSOP hat gemerkt, dass ihm jemand etwas mit der "richtigen" Frequenz zublinkt
....Der TSOP-SigOut geht auf low

d) Die irLED blinkt weiter, sagen wir mal so zehn bis 20 36-kHz-Pulse
....Der TSOP-SigOut bleibt auf low

e) Die irLED ist AUS (blinkt nicht, ist wirklich dauerdunkel) seit drei bis vier 36-kHz-Pulsen
....TSOP empfängt nix => SigOut-TSOP ist trotzdem/noch immer (ein bisschen *gg*) low

f) Die irLED ist weiter aus, sagen wir mal so zehn bis 20 36-kHz-Pulse
....Der TSOP-SigOut geht auf high, weil er längere Zeit keine 36-kHz-Pulse empfängt.

Wenn Dein Programm (ich programmiere C, kann kein Bascom) das berücksichtigt, dann ists ok. Du brauchst nicht unbedingt das/Dein Datenprotokoll einzuhalten, das Du vermutlich bei irgendeinem Code zur Manchesterdekodierung abgeguckt hast!

... Hier nochmal mein gedankliche Ablauf, wann was passieren "müsste" ...
Hier nochmal mein gedankliche Ablauf, wann was passieren "müsste"

Na ja, schon schon, aber ich finde, dass hier Ursache und Wirkung nicht übersichtlich genug dargestellt wird. Passt dieses Diagramm zur obigen Abfolge a) bis f) ?????

PS: bist Du die Theorie der IR-Fernsteuerung schon durchgegangen?