Hallo demwz,

also PIN2 ist PCINT16, PIN3 ist PCINT17 beide sind im gleichen Maskenregister PCMSK2 organisiert,
es könnte durchaus sein, dass sie sich gegenseitig stören. Versuchs doch mal mit PIN1 und PIN2
PIN1 ist im Maskenregister PCMSK1 du musst aber den PCINT1 im Kontrollregister zusätzlich freigeben.

Frage: warum misst du die Drehzahl nicht mit einem Timer über eine Torzeit?

mfg ihle