Du wirst mit der Arduino IDE nicht weiter kommen als mit, nehme mal an das du Bascom meinst.
Beim Arduino ist auch alles in einzelne Librarys ausgelagert auf die man nur schwer zugreifen kann.
Solange man mit diesen Librarys nicht in Konflikt kommt, kann man eigene C-Teile einfügen.
Die Arduino lassen sich ja nicht nur über den Bootloader sondern auch über ISP programmieren.
Für den Bootloader gibt es auch AVR-Dude und XLoader, mit ISP gehen alle vorhandenen Programme.
Daher kann man auch das AVR-Studio oder Notepad zu Programmer erstellen nutzen.
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