Die Zeit die Nötig ist die Minuten und Stunden zu berechnen stört nur sehr wenig. In der Zeit ist der µC im Interrupt des Timers beschäftigt und führt sowieso keinen anderen Code aus, außer ggf. einen anderen Interrupt mit höherer Priorität. Eine kleine Unsicherheit ergibt sich ggf. durch die nicht immer ganz konstante Verzögerung bis der Interrupt ausgelöst wird. Das sind aber eher Zeiten im Bereich µs, selten (bei längeren Interrupts) mehr.

Ein extra Timer für Minuten und Stunden ginge nur begrenzt wenn die HW das Zählen der Überläufe eines anderen Timers erlauben würde. Das ginge ggf. mit externen Verbindungen (PWM -> Zählereingang). Es bleibt aber dabei das die Anzeige nacheinander aktualisiert wird - spätestens den Weg Binär nach BCD wird man in Software machen.