Controller, die direkt mit 1,2 V laufen gibt es wenige. Es gibt vom Atmel den Tiny43, als µC mit integriertem Boost konverter, der ggf. auch mit weniger als 1 mA auskommt. Sonst gibt es ggf. auch sehr Sparsame Wandler als extra IC, ggf. auch als Ladungspumpe (könnte bei der Größe sparsamer sein). Ein etwas größerer Elko zur Stützung wird aber ggf. gebraucht.
Sonst könnte man ggf. noch Chips aussuchen. Bei einem Tiny2313 (Spezifiziert erst ab 2,7 V) habe ich mal nachgemessen: Der µC startete schon ab etwa 1,5 V und lief dann noch bis etwa 1,1 V mit dem internen RC Takt. Scheint aber vom Exemplar abzuhängen.
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