Hab zu deiner Steuerung nur Folgendes gefunden, was helfen könnte
Der scheint nahezu ausgestorben zu sein..

Wo hast du denn her, dass die Schrittmotorsteuerung mit PWM abetrieben wird? Das ist ziemlich ungewöhnlich...
Dachte Schrittmotoren werden in der Regel via PWM angesteuert? Bitte um Korrektur wenn ich mich irre...?
Soweit ich weiß, können diese PWM-Pins auch als normale GPIO´s angesehen werden beim LPC1769..