Wenn du die Motoren über eine andere Spannungsquelle betreiben willst, benutze einfach ein Relais.
Mit zwei Relais kannst du auch einen Polwender bauen. Dann könntest du mit zwei Datenleitungen
(zwei Pins vom uC) auch die Polung steuern, also vorwärts oder rückwärts.

Was soll das denn am Ende werden, wenn man mal fragen darf?