Da übt sich woll einer als Klugscheißer ?
Ne, im Ernst ich bin mir sicher das er einen Mikrokontroller meinte.
Was die eigentliche Frage angeht solltest du dir mal die Xmega's genauer anschauen, die sind quasi die Mega's in Version 2.0.
Gleiche CPU, allerdings mit biszu 32MHz, Jede Menge Peripherie (Selbst kleine Typen haben mindesten 1 SPI, >5 UART und die meisten 2 oder mehr I2C)
Für dich interressant sind hier die Timer, diese wurden ebenso überarbeitet und es sind nun alle Timer (zwischen 5 und 8 stück pro MCU) als 16 bit ausgeführt.
Ein wichtiger Vorteil für dich: die unterstützen einen Modus speziell für Brushless Motoren, bei dem man nur die Zeit vorgeben muss und sachen wie umschaltung zwischen Hi und Low Mosfet macht die Hardware.

MFG