Also zusammengefasst.
Du bekommst ein PWM/PPM ähnliches Signal, An/Aus/An/Aus. Die Länge des High Signals ist variabel sowie die des Low Signals.
Du willst mit den Befehl Pulsein mittels Pind.3 die länge von High Signals messen und mit Pind.4 die länge des Low Signals.
Das ist doch bestimmt ein Motor mit OT Geber, warum misst du nicht einfach mit ein Timer den Abstand von High Flanke zu High Flanke.
Anhand des ermittelten Timerwerts und ein bissel Winkelfunktion könntest du theoretisch Winkel genau die Vor bzw. Nachzündung einstellen. Ich denke auch der Pulsein befehl würd da nicht genau genug für sein.