Ein 4096MHz-Quarz ist schon mal sehr komfortabel, weil damit das Timer-Preload-Verfahren zur Einstellung der Zykluszeit wegfällt (siehe die Errata sheets zum Timer0-Fehler).
Willst du ebenfalls diesen 32.768kHz-Quarz verwenden? Der Sinn des vor Dir erwähnten Sprut'schen Konstrukts ist mir nicht klar.
Willst du Timer 0 selbst inkrementieren, wenn Timer 1 überläuft? Das macht nicht viel Sinn und der Chip gibt dergleichen auch nicht her. Dazu verwendet man sinnvollerweise die in ausreichender Zahl vorhandenen Speicherbytes des SRAM.
Die Idee, gleich alle Ziffern für die Anzeige passend durch einzelne Zähler(überläufe) zu implementieren ist recht gut; benötigt zwar in der ISR etwas mehr Zeit, spart dafür aber die aufwendige nachträgliche Zerlegung. Das ist das eine. Das andere ist die Differenzbildung in der ziffernorientierten Darstellung, das klingt für mich ohne Hardwareunterstützung für BCD-Arithmetik etwas heikel.

Das mit dem Kaskadieren hatte ich allerdings anders gemeint: Nämlich bei jedem Timerinterrupt das inkrementieren des niederwertigsten Bytes und bei auftreten des carry-Flags inkrementieren des nächst-höherwertigen Zählerbytes und bei auftreten des carry ........ Das ist deine binäre Uhr. Die Differenzbildung über mehrere Bytes (ich vermute mal Assembler) kann man sich aus dem Netz holen oder selbst ausdenken. Es gibt auch Application Notes für die PIC16-Familie, da wird so etwas beschrieben. (In C wäre das ja kein Thema).
Der Vorgang des Zeitnehmens ist schlicht das Anfertigen von Kopien aller Zähler-Bytes.

Die Ausgabe aufs LCD ist wirklich Aufgabe des Hauptprogramms, allein die Übergabe der Datenhappen an das LC-Modul sollte man entweder der ISR selbst aufbürden oder durch ein von der ISR gesetztes "Neue-Zeitscheibe"-Flag synchronisieren.

Das alles genau zu beschreiben fällt mir allerdings schwer. Es ist schon wichtig, dass du eine klare Vorstellung von solchen zeitgesteuerten Mechanismen zwischen Hauptprogramm und ISR entwickelst. Da scheint auch jeder seine eigene Vorliebe zu entwickeln, wie er das genau umsetzt.