Ich bin nicht sicher, ob das so funktioniert. Für einen schnellen Test könntest du den Start-Taster beim Einschalten gedrückt halten und erst nach dem Einschalten loslassen. Das Programm sollte dann starten. Möglicherweise mag es der Bootlader nicht, wenn Start/Stop schon beim Einschalten auf High-Pegel ist.

Plan B wäre den RP6 nicht auszuschalten, sondern in einen stromsparenden Sleep-Modus zu versetzen und per Interrupt wieder aufzuwecken.