Ich verstehe grade das Problem nicht...
Du willst schon ne Leiterplatte oder sowas machen?
Wenn du z.B. mit Eagle deine Datei als JPG exportierst und beim Toner-Transfer mit Bügeleisen verwendest, hast du den Toner dort, wo die Säure nicht hinsoll.
In deinem Fall statt Toner halt Edding.
Versuch doch dein Plan als JPG umzuwandeln, in Paint invertieren, und wieder zurückumwandeln wenn möglich.
Oder als Bild "drucken" wenn irgendwie möglich.

Material (ausser µm Kupfer) mit Säure zu entfernen taugt aber nichts, da der Abtrag<=>Verbrauch zu hoch ist.

Alternativ:
Kleb die Folie auf deine Platine, und schneide darauf deine Kontur aus, und zieh dann die ausgeschnittenen Teile ab.
- FolienPlotter = Cutter ?