Könnte es evtl auch Fremdlicht von den Neonröhren sein, die deine Lichtschranken stören?

Ansonsten würde ich einen Tiefpass an den Lichtschranken-Signalen direkt vor dem µC einbauen.
Alternativ geschirmte oder zumindest Verdrillte Leitungen verwenden, falls du diese noch austauschen kannst.