Mit FTD Chips werden vermutlich das http://www.ftdichip.com/ gemeint sein. Die haben USB Wandler zu sehr vielen anderen Schnittstellen (RS232/UART, RS485,....) aber auch andere Chips zum Thema USB (USB Host,...)

Beim USB AVR Lab wird der USB Datenverkehr auch nur mit dem µC bewerkstelligt. http://www.ullihome.de/wiki/USBAVRLab/index

Wie das gemacht wird könntest du bei Christian Ulrich nachfragen wie er es beim AVR Lab gemacht hat.

MfG Hannes