Wenn das STK-Board selbst gelötet ist und nicht über USB sondern über RS232 angesteuert wird, dann würde ich empfehlen nochmal die Schaltung zu checken. Dann könnte diese 6V durchaus an dem MAX232 vorbei zum µC kommen.
Bauteile auf Lötbrücken-wo keine hingehören-prüfen.

Wenn ich mir vorstelle ich biege immer die Beinchen der µC weg, um was zu testen....*kopfschüttel* ...wie wäre es denn einfach den Sockel mit den entsprechenden Pins auf ein Breadboard zu verlängern? Ich weiß, ich weiß, dazu muss man ein Braedboard kaufen... blöde Idee von mir