Die Signale gehen "durch die LED".
Das geht also genauso wie bei den vorderen LEDs/Bumpern:
Die LEDs können vom uC angesteuert, also an/aus geschaltet werden.
Wird ein Bumper gedrückt, erhalten die LEDs nun ihren Strom durch den Bumper, nicht mehr durch den uC -> sie leuchten.
Der uC schaltet nun (siehe Dirks Libs) immer wieder für eine sehr kurze Zeit die LED aus (sollte sie an gewesen sein), schaut ob dennoch eine Spannung anliegt (eben wenn der Bumper gedrückt wurde) und schaltet sie wieder an (wenn sie vorher an war).
So kann die LED als ein- und als Ausgang dienen.
Wenn also deine LED bei Bumper-Betätigung funktioniert, aber im uC kein Signal ankommt, dann teste mal die Verbindungen ab der LED bis zur MultiIO:
Das Signal geht vom Bumper (der ja funktioniert) über den mittleren Bumper-Kontakt zur LED sowie zu einem Widerstand, R23 und R24 (je einer pro Bumper) auf der Rückseite, mittig, der Bumperplatine. Von dort aus geht das Signal zu den Pins 2 und 3 der Pinreihe, gezählt "von links" wenn man aufs Bumperboard schaut.
Von dort geht ja das 7polige Kabel zur MultiIO, dort gehen die Signale weiter zu den Pins mit der Bezeichnung "ON-R" und "ON-L" über dem ADC-Mxxx-Stecker. Die jumper müssen von diesen beiden Pins auf die Pins mit Nummern "8" und "4" gehen, dort geht das Signal dann auf den 10poligen ADC-Mxxx-Stecker und von dort dann zur jeweiligen RP6-Platine (M32, M128 oder M256).

Du kannst auch an all diesen Punkten das Signal mit einem Oszi, Multimeter oder sonst was nachmessen. Als Referenz nimmst du eben GND, ist ja auf der MultiIO genügend vorhanden.

Ich hoffe das hilft!
Grüße