Bei einem nicht idealen Kondensator mit relativ viel Verlust ist es halt nicht einfach die Kapazität zu bestimmen. Für eine genaue Beschreibung so eines Bauteils braucht man ein komplettes Ersatzschaltbild. Bei nur einer Messfrequenz hat man da aber schon 2 einfache Möglichkeiten - als Serienwiderstand oder als Parallelwiderstand. Je nach Kondensator ist das eine oder andere Modell besser, aber bei nur einer Frequenz kann das nicht entschieden werden.

Je nach Modell das man zugrunde legt bekommt man auch andere Werte für die Kapazität - die Widerstandswerte sind ja ohnehin vom Modell abhängig, da ist offensichtlich das die nicht gleich sind. Wenn die Geräte verschiedene Modelle zugrunde legen, können auch unterschiedliche Werte richtig sein. Dazu kommt noch eine nicht unbedingt gleiche Messfrequenz. Ein wirklich gute Kapazitätsmessgerät sollte entsprechend die Messfrequenz und das dazugehörige Modell einstellen können oder wenigstens angeben, im Idealfall auch so das mit einer Messung bei mehreren Frequenzen das passende Modell bestimmt wird: Das Ergebnis ist dann nicht nur einfach 100 µF, sondern etwa 100 µF mit 2 Ohm ESR bei der gegebenen Messfrequenz.