Ein Joystick gibt ja 2 analoge Spannungen aus, oder (zumindest die mit Joystick-Port, die USBs sind ja schon digital)?
Also nimst du dir einen µC mit 2 Analogkanälen, die kannst du dann immer abwechselnd abfragen. Du kannst dann die Werte in 2 Ringpuffer schreiben. Diese kannst du dann filtern (gleitender Mittelwertfilter etc.).