Schon einmal die Schaltpläne der Arduino-Boards angesehen? Was fällt einem auf ? RTS ist mit Reset über 100 nF verbunden. Sobald eine serielle Kommunikation aufgebaut wird, geht RTS gegen Masse und der Controller führt einen Reset durch. Bei avrdude sind auch Programmer wie stk500v2 und arduino realisiert, die den RESET durchführen und dann flashen (Bootloader vorausgesetzt).
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