Löten geht nicht gut, normalerweise wird geklemmt.
Die Temperatur der Übergangsstelle geht, wie Du richtig vermutest, in das Messergebnis ein. Wenn man davon ausgeht, dass an beiden Klemmen die selbe Temperatur herrscht wird die Thermospannung der Differenz der Temperatur zwischen Klemmung und Thermoelement entsprechen. Die Temperatur der Klemmstelle muss also gemessen werden und mit der Thermospannung verrechnet werden (alternativ, aber aufwendiger: die Klemmstelle wird auf bekannter, konstanter Temperatur gehalten). Ich habe mir die verlinkten ICs nicht angesehen, aber vermutlich ist diese Funktionalität enthalten.
Wenn es Dir auf Genauigkeit ankommt, dann sind Widerstandsthermometer die erste Wahl, nicht Thermoelemente.
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