Also so wie ich das lese, fehlt die Diode von Reset des 328 nach VCC.
In der Eagle-Version des UNO-R3 ist diese Diode schon eingezeichnet.
Als Auslöser des Problems wird beschrieben, das durch den MegaU2 auf der DTR-Leitung, über RN2D 1k und C5 100n, ein Resetpuls ausgelöst wird der jedoch die doppelte Spannung, also 10V hat. Dieser 10V Puls stoppt den Mega328. Rückgesetzt wird das erst durch ein neuerliches manuelles Reset.
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