Deine Problembeschreibung verwirrt mich etwas.

Aber: Timer schaltet man ab in dem man ihren Takt deaktiviert, nur den Interrupt stummzuschalten reicht nicht. Wenn du den Interrupt wieder zulässt, löst das vorher irgendwann Mal gesetzte Interrupt-Flag (im TIFR-Register) den Interrupt gleich aus.

mfG
Markus