Flimmerfrei ist schneller als 30 Hz (solange die LEDs nicht in Bewegung sind), je schneller umso besser.

Um das Pulsieren zu realisieren musst du nur den PWM wert nach X ms um Y erhöhen/verringern. X und Y richten sich danach, wie schnell und flüssig das Pulsieren funktionieren soll.
Dafür kannst du den zweiten Timer verwenden um alle X ms die PWM werte um Y zu ändern.