Ich weiß ja nicht ob dir das was hilft, aber ich flash bei "nicht-Arduino" Projekten mein MEGA2560 über AtmelStudio 6 und WinAVR. Aber das wird ja wahrscheinlich unter Linux seinen Dienst verweigern...
Warum flasht du eigentlich per ISP? Wegen einer anderen IDE oder wegen Treiberproblemen?
happy hohoho
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