Bei der Beschaltung des ADC Pins ist der Kondensator nach GND (genauer AGND) die richtige Wahl. Auch hat man die Wahl zwischen ca. 2,5 V von der internen Ref. und AVCC durch eine interne schaltbare Verbindung. Auch wenn man per software AVcc als Ref. wählt wirkt dann der Kondensator als Filter.
Eine Spannung legt man an den Pin eigentlich nur an, wenn es um was anderes als die internen 2,5 V oder AVCC geht.

Kondensatoren an den Relaiskontakten sind schon eine gute Idee, dann aber besser als Snubber, mit einem Widerstand (z.B. 10 Ohm) in Reihe - sonst werden die Relaiskontakte stark belastet, wenn der zufällig gerade geladene Kondensator entladen wird.
Bei den Weichen könnte man ggf. probieren, ob die nicht auch mit Gleichstrom schalten - das könnte die Relais sparen. Wenn es mehr weichen werden kann das einiges einsparen bei der Schaltung.

Für so lange Leitungen beim I2C wären ggf. etwas kleinere Pullup Widerstände sinnvoll.

Der eine sonst nicht benutzte Pin beim ULN200x ist für interne Freilaufdioden. Den Pin könnte man zur Sicherheit auch noch verbinden. Falls es da zu Störungen kommt, ist das oft eine Frage des Layouts, also wir die Leitungen verlaufen, nicht so sehr welche Teile im Plan stehen. Gerade bei den Abblockkondensatoren ist das Wo und der Typ des Kondensators ggf. wichtig.