Du hast es dir IMHO an manchen Stellen zu kompliziert gemacht. Die 5V werden nur für deinen 244 gebraucht, dabei kann der IR21812 auch mit 3,3V angesteuert werden. Insbesondere bei deiner hohen Schaltfrequenz hätte ich den Buffer vermieden. Und bei 12V Motorversorgung kann man die auch für die Gatetreiber nehmen, die 3V extra sind den zusätzlichen Aufwand nicht wert. Und da wir gerade bei den Versorgungen sind, wie steif sind deine 15V? Ich sehe da nur 4,7µ, das könnte knapp sein.

Mit deinen Massen habe ich auch so ein Problem. Du hast GND und AGND. Dabei sollte AGND besser PWRGND heißen, den darüber fließt dein Brückenstrom. Da sollte nichts anderes ran, als die Brücke. Du misst zwar die Ströme differentiell, versorgst aber die Messverstärker mit der schlechtesten Masse, die du hast. Obendrein hängt da auch noch dein µC (mit AVSS) dran. Die untere Seite deiner Brückenversorgung ist auch nicht ganz einfach. Der Strom für die A-Brücke muß durch R5 und durch R11. Ist dieser Pfad niederohmig (und niederinduktiv) genug? An einem Shunt fällt imer etwas ab (sonst könnte man nichts messen) aber zwei hintereinander? Am Fuß des Brückenzweigs C hast du außerdem noch die Ströme der beiden anderen Zweige, was dir Rückwirkungen einbringt.

Um die Bootstrap Schaltung zu überprüfen, kannst du dir ja mal die Spannung zwischen z.B. D1 und C2 in Bezug zur Ansteuerung ansehen. Dabei kannst du dann auch schauen, wie sich die Spannungen von AGND bis zu C2 verhalten. Vielleicht fängst du ja mit der Ansteuerung von nur einem Brückenzweig an. So schlecht sich deine Schaltung auch benimt, auf die Störung kann man gut Triggern (auch wenn das ein schwacher Trost ist).

MfG Klebwax