Da das ganze fliegen soll kuck dich mal nach sowas um:
https://www.roboternetz.de/phpBB2/vi...?p=59141#59141

wesentlich kleiner und stromsparender als die echt schon sehr kleinen und stromsparenden epia boards...

bezüglich der Festplatten/CF problematik:

CF Karten halten nur 100000 Schreibzyklen aus was nicht wirklich viel ist. Eine Festplatte wird aber warscheinlich zu schwer sein.

Deshalb würd ich dir raten trotzdem eine CF Karte zu nehmen mit o.g. Tipps kann man damit unter Linux trotz der begrenzten Haltbarkeit noch vernünftige ergebnisse erziehlen

Festplatten sind nämlich nicht nur schwerer (mehr masse = mehr geht kaputt beim unsanften landen) sie brauchen auch wesentlich mehr strom (=> größerer Akku)