Wie schlimm ist es denn, wenn die beiden Spindeln nicht Winkelsynchron laufen? Bei Schrittmotoren ist ja nämlich so, dass sie zwar im unbestromten Zustand synchron laufen können, wenn man sie aber gleichartig bestromt sich der Rotor innerhalb von vier Vollschritten ausrichtet. Wenn jetzt zwei Motoren irgendwie verkoppelt wurden, dann kann es sein, dass die gleiche Bestromung der Spulen nicht den gleichen Winkel bedeutet. Dadurch würde bei beiden Motoren der Rotor nicht genau dem Feld folgen, sondern würde etwas abseits seines eigentlichen Winkels stehen, was dann das Drehmoment negativ beeinflusst. Umgehen ann man das, wenn man beide Motoren während des Einbaus der Zahnriemenräder gleichartig bestromt, damit sie auch die gleiche Ausrichtung haben und sich so nicht gegenseitig verspannen können. Wenn das nicht verständlich war, dann kann ich auch nochmal versuchen eine Skizze dazu zu machen.
Wenn dann noch das Schwingverhalten bei verschiedenen Frequenzen dzu kommt ist es kein Wunder, wenn das System dann rummotzt.