Hallo!
Schönes Projekt erstmal.

Das mit dem Joystick kannst du mit Potentiometern lösen.
Viele Microcontroller haben einen Analog digital Converter, damit kannst du Spannungen messen.
Du legst einfach pin 1 vom poti auf Masse, pin2 auf VCC und pin3 geht an deinen ADC pin.
So bekommst du einen Einstellbaren Spannungsteiler und an deinem Pin liegt je nach Drehung 0 bis 5 Volt an.

Im Wiki gibt es ein nettes Tutorial für Microcontroller:
http://www.rn-wissen.de/index.php/AV...leicht_gemacht
Und Dann empfehle ich dir noch das AVR GCC Tutorial, das ist sehr umfangreich:
http://www.mikrocontroller.net/artic...R-GCC-Tutorial

Kannst du selber Löten/Platinen Herstellen oder möchtest du ein Fertiges Board nehmen?
Platinen selbst herstellen macht jedenfalls mehr Spaß

Für die Steuerung der Motoren benötigst du Motortreiber, sieh dir dazu mal das hier an:
http://www.rn-wissen.de/index.php/Ge...en_Ansteuerung
Wenn es sehr Genau werden soll, also, wenn du wirklich genau bestimmen wie sich der Motor dreht würde ich zu Schrittmotoren raten.
Die Sind allerdings etwas komplizierter in der Ansteuerung:
http://www.rn-wissen.de/index.php/St...en_Ansteuerung

Ich habe jedenfalls erstmal angefangen für den PC in C++ zu programmieren, da kann man schneller den Syntax verstehen, als auf einem µC, wo die Ausgabemöglichkeiten am Anfang relativ beschränkt sind.

Ich hoffe, ich konnte dir Helfen.
Gruß
Olaf