Mit Java wirst du ganz sicher die gleichen Probleme bekommen. Entweder nimmst du auf dem PC ein Echtzeitbetriebssystem (oder eine OS-Erweiterung wie z.B. Kithara), oder du verlagerst die Pulserzeugung in die Hardware (z.B. auf einen µC) und lässt den PC nur die high-level Sachen machen.

Mit freundlichen Grüßen
Thorsten Ostermann