Ich würde den Filter für die Spikes etwa so dimensionieren: Die Grenzfrequenz sollte so sein, dass die untere Frequenz aus den Spikes (etwa 0.1/ Breite der breiteren Spikes) schon deutlich abgeschwächt wird, also eher um einen Faktor 10-100 darunter. Tiefer ist ok, braucht aber mehr Induktivität/Kapazität. Als Kondensator könnte man erst mal etwa 100-500 nF probieren (viel mehr wird schwer als HF geieignete Bauform), und weniger mag der Regler ggf. nicht.
Bei wenig Strom kann die Induktivität auch ruhig etwas größer sein, sofern der Widerstand nicht stört. Mit etwa 100 µH käme man schon auf eine Grenz Frequenz von rund 100 kHz - das sollte schon reichen. Wenn ich mich richtig erinnere schlägt ATmel etwa 10 µH vor für AVCC. Es hängt aber auch davon ab, was gerade da ist oder gut zu bekommen ist.