Jo, so ein Problem hatte ich auch schon mal, allerdings war mein Board noch nicht so oft geproggt.
Ich hatte dabei an der SPI einen CAN Buscontroller angeschaltet, der immer wieder die Komunikation zwischen dem Programmer und dem Controller ( ATMEGA 1280 ) störte.
Das Ergebnis war, das sich dabei die Fuses des Controller verstellt hatten - Also genau wie wenn man eine falsche Taktquelle flashed.
Ich hab dann den Reset Pin des CAN Controllers mit einem Pull Down Widerstand nach GND gelegt, somit war dieser während des Flashens still gelegt.
Den Controller selber konnte ich mittels externem Takt wieder zu Leben erwecken.
Also wenn Du was an der SPI angeschaltet hattes könnte es bei Dir durchaus das gleiche Problem sein.
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