Die höhere Gatekapazität sollte kein zu großes Problem sein, außer es ist viel höher (habe nicht verglichen). Der Fet braucht einfach etwas länger bei der Zustandsänderung bzw benötigt einen höheren Gatestrom (kurzzeitig beim Umladen des Gates).
Bei µC-Schaltungen solltest du mit Logiclevel Fets arbeiten bzw einen Gatetreiber verwenden (egal ob mit 2 Transistoren oder als IC). Du solltest aber kontrollieren ob der Fet richtig durchschaltet (bei den 3,3V), ansonsten einen Gatetreiber verwenden.
Molex Anschluss habe ich gerade bei Reichelt gefunden http://www.reichelt.de/Floppy-Powers...56ba44ab882f88
MfG Hannes
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